农村合作医疗住院报销比例如下：

1、乡镇级（一级医院）住院报销的比例是85%，起付线是200元；

2、县级（二级医院）住院报销的比例是70%，起付线是500元；

3、市级（三级医院）住院报销的比例是55%，起付线是700元；

4、省级（三级医院）住院报销的比例是50%，起付线是1000。