贝类方面，南极海域生活着不少耐寒的贝类物种，例如：
- 南极帽贝（ Antarctoconchus gastropod）
- 南极贻贝（Laternula elliptica），也称南极栉孔扇贝
- 冰藻丛中的南极蛤蜊（Limopsis antarctica）
- 以及一些种类的海螺、蛾螺等软体动物。
鱼类方面，南极水域特有的鱼类包括但不限于：
- 南极冰鱼（又称南极鳕鱼，如鳄冰鱼科Nototheniidae的一些种类，如Notothenia coriiceps）
- 黄鱼属的某些深海鱼种
- 红鳍银鲛（Chimaera monstrosa）等深海鲨鱼目成员
- 此外还有许多其他适应寒冷环境的底栖鱼类。
南极地区还有一种特别重要的基础生物资源——南极磷虾，虽然不是贝类或传统意义上的鱼类，但其数量巨大且对整个南极生态系统起着关键作用，也是许多鱼类和其他捕食者的食物来源。