双层深海鳕鱼堡的原味和风味版本主要在调料和配料上有所不同。原味版通常以简单的调味品为主，比如美乃滋、生菜和番茄等基本食材，突出鳕鱼本身的鲜美口感。而风味版本则可能加入了特殊的酱料或添加了如烟熏味、辣味或者芝士等额外的配料，以提供更加丰富多样的口味体验。

具体到不同品牌的双层深海鳕鱼堡，风味的种类和配方可能会有所差异。例如，一些品牌可能推出了带有墨西哥风味的辣椒酱版本，或者是地中海风味的香草和橄榄版本。顾客可以根据自己的口味偏好来选择原味或者不同风味的双层深海鳕鱼堡。