要查清商铺是否有抵押纠纷，可以按照以下步骤进行：

1. 查阅房产证：首先，你可以要求房东或中介提供商铺的房产证副本。房产证上会有详细的房屋信息，包括所有权人、面积、用途等。同时，房产证上也会标明是否有抵押或其他限制。

2. 联系房产登记机构：你可以联系当地的房产登记机构（通常是不动产登记中心或房地产管理局），向他们查询该商铺是否有抵押记录。你可能需要提供商铺的具体地址和房产证号码等信息。

3. 查询抵押登记信息：房产登记机构会有相应的办理窗口或在线查询系统，你可以通过这些途径查询商铺是否有抵押登记。提供商铺地址或房产证号码等信息，以获取抵押登记的详细情况。

4. 访问法院网站：有些地区的法院网站提供了在线查询系统，可以查询特定物业是否涉及法律纠纷。你可以尝试在当地法院网站上使用商铺地址或相关当事人的信息进行搜索。

5. 雇佣专业服务：如果你对自己的查询能力不太自信或觉得有必要进行更深入的调查，可以雇佣专门的律师或房地产中介公司来帮助你查清商铺的抵押纠纷情况。他们有专业的经验和资源，能更加全面地帮助你进行调查。

要确保自己的权益，特别是在租商铺这样的重要决定上，查清房子是否有抵押纠纷是非常重要的。以上方法可以帮助你初步了解商铺的抵押情况，但仍建议在签订租赁合同之前，与相关专业人士咨询，并进行更加全面的调查和尽职调查。