萨摩耶最佳配种时间是在雌性犬发情期的第11到13天。这是因为在这个时间段，雌性犬的卵子已经成熟并且对精子最敏感，从而增加配种成功的概率。然而，具体的最佳搭配时间还应该根据萨摩耶犬个体的身体状况和繁殖历史来决定，在进行配种前最好咨询兽医师的意见。