46岁灵活就业人员可以选择参加城镇职工基本医疗保险或新型农村合作医疗。具体选择哪种保险，可以根据个人情况和经济条件来决定。

如果个人经济条件较好，可以选择参加城镇职工基本医疗保险，因为该保险的保障水平相对较高，但相应的缴费也较高。如果个人经济条件一般，可以选择参加新型农村合作医疗，因为该保险的缴费相对较低，但保障水平也相对较低。

无论选择哪种保险，都需要在参保前了解清楚相关政策和规定，以便在需要时能够得到相应的保障。