主要的有6个

1、马普托港

位于莫东南沿海圣埃斯皮里托（河口，地处马普托湾的西岸，濒临印度洋的西南侧，是莫桑比克的大海港。

2、贝拉（BEIRA）港

位于莫中部，年吞吐能力为500万吨，有10个泊位，水深8-10米。

3、纳卡拉（NACALA）港

位于莫北部，年吞吐能力为80万吨，是莫第三大港口，有6个泊位，水深7-15米，码头总长723米。港内铁路通往马拉维。

4、彭巴港(Pemba)

是莫桑比克东北沿海港口。

5、伊博

位于莫桑比克东北部德尔加杜角省的伊博境内，地处德尔加杜角省的东部，东濒莫桑比克海峡的西北侧。

6、克利马内

位于莫桑比克东部赞比西亚省的克利马内境内，地处赞比西河三角州的北部，西临卢阿拉河口的右岸，东濒莫桑比克海峡的西侧。