灵活就业者在填写个人所得税申报表时，需要对专项扣除进行填写。其中三险一金包括社会保险费、住房公积金、商业医疗保险和税延型商业养老保险。灵活就业者在填写专项扣除时，需要根据自己的实际情况填写相关的具体数额。具体填写方式可参考《个人所得税法实施条例》及其相关规定，或向税务机关进行咨询。