1、破坏牧草、侵占草场，严重影响畜牧业发展。在紫茎泽兰发生危害地区，总是以满山遍野密集成片的单优植物群落出现，造成牧草急剧下降，饲草缺乏。

2、竞争排挤和取代当地植物而很快形成单种优势群落，造成生物多样性不可逆转性地降低，危及当地物种的生存，甚至导致当地物种，特别是珍贵植物资源的濒危或灭绝，最终导致生态系统单一和退化。

3、侵入经济林地、影响栽培植物生长，紫茎泽兰入侵农田、林地、牧场后，与农作物、牧草和林木争夺肥、水、阳光和空间，对农作物和经济植物产量、草地维护、森林更新有极大影响。紫茎泽兰对土壤养分的吸收性强，能极大地损耗土壤肥力。另外，紫茎泽兰对土壤可耕性的破坏也较为严重，造成中耕管理强度成倍增加。在有紫茎泽兰危害的地区，所有经济林地茶、桑、果园紫茎泽兰也同样侵入，只要一年不进行中耕管理，就会长满紫茎泽兰，轻者使作物长势减弱、产量下降或品质变坏，重者导致作物大面积死亡。

4、阻碍交通、堵塞水渠。紫茎泽兰在路旁沟边长得非常繁茂，枝叶十分密集，往往阻碍交通、堵塞水渠，受害地区在秋收秋种季节，还需要先抽调劳力清除障碍，才能保证道路、水渠畅通，才能使农事活动正常开展。

5、还会严重影响人、畜健康。紫茎泽兰植株内含有芳香和辛辣的化学物质和一些尚不清楚的有毒物质，其花粉能引起人畜过敏性疾病、会引起马患气喘病，往往有家畜因误食引起中毒或死亡的事件发生；如果用紫茎泽兰植株来垫厩，还会引起牛马烂蹄。