如果将40公分高的芦荟的根都切掉，芦荟很可能无法存活。根部是植物的重要器官之一，负责吸收水分和养分，并提供支撑植物的稳定性。没有根系，芦荟将失去获取水分和养分的途径，同时也无法稳定地固定在土壤中。

通常情况下，植物的根部被切除后，需要进行重新根植或扦插等方法来促进新的根系生长。但是，对于大部分植物来说，根部被切除得过多可能会导致植物无法存活，特别是对于较大的植物来说，根部的重要性更加突出。

因此，如果要保证芦荟存活，最好不要将全部根部切除。若需要进行根部修剪，应尽量保留一部分根系，以提供植物正常生长所需的水分和养分吸收能力。