增值税专用发票的抵扣流程：

1、首先需要将税控盘插到电脑的主机上，登录到增值税综合服务平台，点击需要认证的月份；

2、勾选好发票的开票日期，点击查询；

3、勾选收到的纸质需要认证的发票，点击确定并提交；

4、提交之后选择申请统计，勾选认证成功；

5、最后进入电子税务局填写增值税申报表进行抵扣。