1 上级管理单位是济宁市梁山县文化旅游局。

2 莲花净寺作为济宁市级文物保护单位，其上级管理单位是济宁市文化和旅游局，而济宁市文化和旅游局的上级管理单位是济宁市委宣传部和济宁市文化广电新闻出版局。

3 除了上级管理单位外，莲花净寺还需遵守国家文物保护法和相关规定，接受国家文物局的监督管理。