如果您同时拥有两处房产，其中一处存在房产纠纷，另一处仍然可以办理房产证。但是，根据法律规定，房产纠纷受法律限制，可能影响房产的买卖和转让。因此，建议您在规避房产纠纷的前提下，申请办理符合规定的房产证，以确保您的房屋拥有合法的产权。