秘书鸟的天敌主要是来自天空中的飞行动物，如猎鹰、老鹰、鸡鹰等。这些飞行动物狙击秘书鸟主要是因为它们飞行速度较慢，且通常会在地面上找食物，难以及时发现天空中的危险。

此外，游荡在树林中的猫头鹰也是秘书鸟的天敌之一，尤其是在天黑后秘书鸟的注意力更加减弱，猫头鹰就会利用其敏锐的听觉和视觉觅食。因此，秘书鸟需要时刻保持警惕以防被天敌攻击。