Em菌原液在使用或发酵过程中确实可能出现气泡。这是因为EM菌原液是由多种微生物群落(如乳酸菌、酵母菌等)组成的，这些微生物在适宜的条件下会进行新陈代谢活动，包括呼吸作用和发酵过程。在发酵过程中，微生物会产生气体，比如二氧化碳，所以有时候会在菌液表面看到气泡。

此外，在储存期间，由于微生物的活性以及可能存在的细微通气情况，底部也可能出现轻微的气泡或沉淀物，这些都是正常现象。不过，如果气味异常或有大量气泡产生，并伴随变质异味，则可能是菌液变质的表现。在使用前应确保其品质良好，按照正确的使用方法和存储条件处理。