种蛋堆在一起消毒的确存在消毒不彻底的问题。因为种蛋堆往往很大，堆中间的蛋很难被消毒液充分接触。此外，消毒液的浓度、温度、时间等因素都会影响消毒效果。因此，消毒过程中需要注意以上问题，避免造成疫情扩散或者种蛋的病毒污染。

最好的方式是将种蛋分别消毒或进行局部消毒，确保消毒达到彻底的效果。