新农合住院报销流程大致分为以下几个步骤：

1.住院医院出具病历、住院费用清单等相关资料；

2.患者携带相关资料和新农合卡到当地农村合作医疗机构办理报销手续；

3.医保经办机构审核资料，确定报销比例和金额；

4.报销款项打入患者个人账户或医院账户。