小叶紫檀常用的线色有黑色、棕色和黄色。其中，黑色线色尤其常见且应用广泛，因为能与紫檀木材形成强烈的对比效果，同时也不会显得刺眼。

棕色线色与紫檀木材的色泽相近，因此能够使线条和木材融为一体，更加自然。

而黄色线色则常用于佩戴性质较强的小件制品中，因为其比较醒目，容易引起眼球。不少小叶紫檀工艺品制作者在制作时也根据自己个人的喜好或设计需要搭配不同颜色的线。