连锁药店独立核算是指在一个连锁经营模式下，各个分店或加盟店都有自己独立的会计主体身份。具体来说，总部和各个分店都是独立设置会计机构进行财务核算的，各自编制自己的会计报表。

在独立核算形式下，会计核算通常需要设置“基层往来”和“总部往来”等账户来进行商品流通和资金往来的核算。例如，当总部向分店拨付资金时，或者直营店与加盟店之间进行商品调拨时，都需要通过这些特定的账户来完成账务处理。

如果连锁药店采用独立核算方式，那么与总部或其他连锁分店之间的经济往来通常会记为“往来款”，并需要及时进行冲平操作。这样做的好处是可以避免利息的计算和增值税的交纳。