天珠有玛瑙纹并不算瑕疵。天珠玛瑙的颜色和纹理是其最显著的特征之一，通常呈现出浓郁的深红色、棕色、绿色等颜色，并且具有自然形成的纹理和图案，这些纹理可能是线条状、斑驳状或斑点状。真正的天珠玛瑙纹理是自然形成的，不会显得过于规则或完美。

此外，天珠玛瑙的光泽、密度和质地等特征也是鉴别真伪的关键。真正的天珠玛瑙光泽应该是半透明到不透明的，具有一种油润的感觉；密度相对较高，质地上应该坚硬，不容易被刮擦或损坏。

在藏族信仰中，天珠一直具有特殊的意义，不仅作为藏药的配料，其镶蚀所用的颜料也是由藏药所制。因此，天珠的纹理和颜色可能因制作过程和信仰习俗而有所变化，这也是其独特之处，而非瑕疵。

总的来说，天珠有玛瑙纹是正常现象，并不构成瑕疵。当然，对于天珠的鉴别和评估，还需要综合考虑其光泽、密度、质地等多个因素，以及结合藏族文化和信仰背景进行深入理解。