上海自由职业者可以不交社保只交医保。

因为社保和医保是分属两个不同的部门管理的，并非是必须捆绑在一起进行参保的。社保是归人社局所属的社会保险事业管理局负责征缴；医保是归卫生局所属的医保局负责征缴，所以社保和医保本来就是需要分开缴纳的。参保者可以单独缴纳社保，也可以单独缴纳医保，也可以同时缴纳社保和医保。

但不建议灵活就业人员选择只缴纳医保不缴纳社保。因为社保医保对于灵活就业人员来说，都很重要，二者缺一不可，缺了哪项，灵活就业人员的晚年都不会完美和幸福，只有二者兼有，才是最完美和最幸福的晚年生活。