第一种方法是种菌——直接口服益生菌，目的是让活的益生菌在肠内安家落户，促进肠道微生物的平衡。

目前主要的产品包括含益生菌的酸牛奶、酸乳酪、酸豆奶以及含多种益生菌的口服液、片剂、胶囊、粉末剂等。但是不容易在体内定植，不是最佳方法。

第二种方法是养菌——提供益生菌喜欢的食物，为其创造好的营养环境，让它们快速繁殖，“压”过有害菌的势力。这种方法是从自然界提取有益细菌的养料（即增殖因子），将其摄入人体肠道，使肠道内的益生菌利用这些养料快速大量地生长繁殖。