办理南京江宁地区的港澳通行证需要身份证、居民户口本、毕业证或工作证明以及一张2寸蓝底彩色照片，还需要填写《港澳居民来往内地通行证》申请表。

申请人需前往所在地的公安机关办理，进行资料审核，并进行现场照相和指纹采集等程序。需要注意的是，申请人必须年满18周岁，且未被限制出境。办理时需支付相应的费用。