手机店在检查手机是否原装时，通常会从以下几个方面进行判断：

1. 手机串码：在手机上按井06井，会出现一个串码，检查这个串码是否与手机盒、机身上的串码一致。若一致，证明该手机是真货。

2. 入网证：消费者取下手机电池后，查看安装手机卡的地方贴有印着序列号的入网证。登陆生产商网站，输入序列号进行核对，结果一致即为真货。

3. 电池：鉴别电池真伪主要观察标贴和触点。真电池标贴字迹清晰、外观整齐，灯光下观察到细密的纵向划痕，且触电为不太光亮的纯铜。假电池上的标贴字迹不清晰，触点有重新镀过，摩擦一段时间后会露出里面黑色铁片。

4. 手机屏幕：观察屏幕颜色、触摸手感、观看角度等，原装屏幕色调较暖，偏向黄色；翻新屏幕色调较冷，偏向蓝色。此外，原装屏幕可以轻松看到摄像头内部，而翻新屏幕则较模糊。

5. 机身外观：检查手机机身外观是否有划痕、磨损痕迹，原装手机的外观工艺和质量较好，细节处理较为精细。

6. 系统与应用：检查手机系统是否为原装版本，查看预装的应用是否为官方版本。

7. 售后服务：购买手机时，可以向商家了解售后服务政策，如是否支持官方售后维修、保修期限等。原装手机通常具有更好的售后保障。

8. 商家信誉：选择正规渠道购买手机，并了解商家的信誉和口碑。购买时，可以向商家咨询关于手机原装的相关问题，了解他们的说法是否合理。

综上所述，手机店在检查手机是否原装时，会从多个方面进行综合判断。然而，由于翻新手机技术的不断提高，部分翻新手机难以通过简单的方法鉴别。因此，在购买手机时，尽量选择正规渠道和信誉良好的商家，确保购买到原装手机。