布达拉宫所有建筑的屋顶和地面均用当地开采的“阿嘎土”封护材料。这种材料主要属于土石相兼的微晶灰岩，产于西藏地区一些半土半石的山包中，储藏部位在山体上部的1-2米厚层中。拉萨附近的曲水、林周、达孜等县，山南地区的扎囊县等均有储藏与开采。

“阿嘎土”具有坚硬、光洁、美观的良好效果。阿嘎土的主要成分是碳酸钙，施工时将大块的阿嘎土捣碎，然后再筛选分级；粗阿嘎土的粒径为3-4厘米；中阿嘎土的粒径为2-3厘米；细阿嘎土的粒径为1-2厘米；最后为1厘米以下的粉状阿嘎土。但是，阿嘎土的抗水性能差，其内部的粘性材料容易被雨水冲刷，在日晒雨淋下变得越来越粗糙，致使雨后的屋面普遍漏水，漏水后再打阿嘎土，屋顶越来越沉导致房屋变形，这也成为藏式古建筑致命的弱点。目前所使用的阿嘎是经现代工艺改良的。它提高了抗压强度、抗冻融性能及防水性能，形成了刚柔相济的复合防水体系。