河海大学源于1915年由近代著名教育家、实业家张謇创办的河海工程专门学校，是中国第一所培养水利人才的高等学府，开创了中国水利高等教育的先河。张闻天、沈泽民等无产阶级革命家曾在河海求学，并从这里走上革命道路。
1924年与东南大学工科合并成立河海工科大学，1927年并入第四中山大学土木工程系（后历经江苏大学工学院土木系、中央大学工学院水利组、中央大学水利系、南京大学水利系等多次更名）。
1952年，南京大学水利系与交通大学、同济大学、浙江大学等高校的水利系科以及华东水利专科学校组建华东水利学院，钱正英为首任院长。