燕南飞在《天涯明月刀》中的武功被废是因为他误食了“千年灵芝”，导致体内真气逆行，经脉错乱，武功尽失。后来，燕南飞在遇到了一位神秘的老人后，得到了一本武学秘籍《玄铁令》，并在此基础上修炼出了一种全新的武功，名为“玄铁掌法”，从而恢复了武功。

具体来说，《玄铁令》是一本武学秘籍，其中记载了一种以内功驱动的掌法，可以借助玄铁令牌的力量发挥出极大的威力。燕南飞在得到《玄铁令》后，经过刻苦修炼，掌握了玄铁掌法，从而恢复了武功。

值得注意的是，《天涯明月刀》是武侠小说，其中的情节和设定均为虚构，不具有现实可行性。在现实中，如果一个人的武功被废，要想恢复武功是非常困难的，需要进行长期的康复训练和治疗。