总体来说，浙江医科大学在声誉和排名上优于安徽医科大学，但两者在某些学科领域可能各有优势。

首先，浙江医科大学在学科实力上有优势。具体来说，浙江大学的临床医学学科排名全国第三，基础医学学科排名全国第五，药学学科排名全国第八。另一方面，安徽医科大学的药学学科排名全国前十，公共卫生与预防医学学科排名全国前二十。

其次，两所大学在师资力量上也有所不同。浙江大学的医学教师团队以临床医学教授和博士生导师为主，而安徽医科大学则以临床医学和口腔医学教授为主。

最后，两所大学的科研实力也存在差异。浙江大学在基础医学、药学、公共卫生与预防医学等领域的科研实力较强，而安徽医科大学则以临床医学和口腔医学等领域的科研为主。

总的来说，浙江医科大学和安徽医科大学各有优势，选择哪所大学取决于个人兴趣和发展目标。如果希望在临床医学、基础医学、药学等领域的学术研究和创新上有所突破，那么浙江大学可能是一个更好的选择。而如果对口腔医学、公共卫生与预防医学等领域感兴趣，那么安徽医科大学可能更适合。