水中做围墙基础施工需要先进行水下探测，确定施工区域和地下管线情况。然后使用专用的水下钻机或水下挖机进行挖掘，将基础底部处理成扁平形，便于施工，然后在底部安放模板，浇筑混凝土。

随后对基础进行养护，确保强度和稳定性。在施工过程中要特别注意安全，进行相应的防护措施，如安装防护罩或使用防护工具。

完成施工后，需要进行验收，以确保基础的质量和安全性。