1 我无法确定为什么1999年翻盖房子的房产证还没有下来。

2 可能存在以下原因：

a. 官方程序繁琐，审核需要较长时间；

b. 该房子存在纠纷或其他法律问题，导致证书下发受阻；

c. 信息丢失或审核不通过，需要重新整理提交资料；

d. 其他未知原因。

3 如果您对此仍有疑问，建议向当地房产管理部门咨询，以寻求详细的答案。