公积金扣款时，余额不足当天是可以进行补扣的。当余额不足的时候，个人补上余额是可以进行第二次扣款的，最好是在还款日当天进行补齐。若“扣款日”当天未及时足额还款，会产生逾期记录，由央行统一记录到征信系统。

操作方法：

1、您可以通过手机银行、网上银行及电话银行自动语音主动操作还款（注：公积金贷款、行员贷款、赎楼贷款等，及逾期90天以上的贷款无法通过此方式还款）。

2、等待系统每天自动补扣（不包含公积金贷款、车购易及其他贷款公司贷款在招行的代扣款项）。