花菜苗根干枯的主要原因是过度浇水或水分不足。在气候湿度较大的情况下，花菜苗一般不需要特别浇水。过度浇水会导致花菜苗根系处于湿度过高的环境下，引起根部腐烂，从而导致根部干枯。

水分不足也是导致花菜苗根干枯的原因之一。如果种植者没有及时浇水，或者花菜栽培土壤不够湿润，也会造成花菜苗根部干枯。