根据土耳其政府官方网站的信息，持有有效日本护照的人可以在土耳其逗留90天内免签证入境，无需申请签证。因此，持有有效的日本三年签证的人可以入境土耳其，但需确保签证有效期内逗留时间不超过90天。同时，建议在出行前向土耳其驻日本使馆或领事馆咨询最新政策和需求。