美国在中国最早建立的两所大学分别是南开大学和清华大学。南开大学成立于1919年，由美国教育家和传教士来华创办，最初是一所宗教学校，后来逐渐发展为综合性大学。

清华大学则是由美国曾经派驻中国的“博士总统”爱德华·塞尔登创建于1911年，当时被称为清华学校，是中国最早的现代教育机构之一。这两所大学的建立不仅在当时对中国现代教育的推进有重要意义，也为中美两国人民之间的交流与合作打下了坚实的基础。至今，南开大学和清华大学仍然是中国最著名的高等学府之一，其所培养的人才在国内外均有着广泛的影响力。