甲磺酸和甲基磺酸是两种不同的化合物，它们在化学结构和性质上存在一些差异。

甲磺酸，化学式为CH4O3S，是一种有机化合物。它溶于水、醇和醚，但不溶于烷烃、苯、甲苯等有机溶剂。甲磺酸对金属铁、铜和铅等有强烈腐蚀作用，对沸水、热碱液不分解。

甲基磺酸，又称甲烷磺酸，是一种无色液体，化学式为CH3SO3H。它是结构最简单的烷基磺酸。甲基磺酸在浓缩状态下具有吸湿性，可以溶解多种金属盐，其中许多金属盐的浓度明显高于盐酸或硫酸的浓度。甲基磺酸具有不挥发的强酸性质，可溶于有机溶剂，因此被用作有机反应的酸催化剂。此外，甲基磺酸还可用于生成硼烷（BH3），清理陶瓷、瓷砖和瓷器的表面锈迹等。

总的来说，甲磺酸和甲基磺酸在化学结构和性质上存在差异，甲基磺酸具有更广泛的工业应用价值。