长期食用益生菌不会完全代替人体内的所有原生菌群，但它有助于促进肠道微生物群的平衡，提高免疫力和消化能力。人体内的微生物群是多样化的，包括有益的和有害的。长期食用益生菌有助于促进有益菌的增加，减少有害菌的生长。然而，不同种类的益生菌具有不同的功能和特点，建议选择适合自己的益生菌产品并适量食用。