新农合让学生一次交三年的原因是为了减轻学生和家庭的经济负担，同时也方便管理和统筹医保资金。

学生在一年内可能会有多次就医需求，如果每次都去交医保费用，不仅增加了家庭的支出，也增加了医保管理的工作量。

而且一次交三年的方式，可以让学生在未来三年内享受医保保障，减少了不必要的烦恼和时间成本，提高了医保的使用率。

此外，一次交三年还可以避免医保资金的浪费和滥用，提高了医保资金的使用效率。