可以。

甲状腺手术新农合可以报50%以上的医保，但不同城市的政策会有所差别。

1. 新农合可以报50%以上的医保。

2. 中国新农合是为了让农民和低收入者也能够享受到医疗保障而实行的一项医保政策。

根据该政策，甲状腺手术是符合报销条件的，但是不同地方的具体报销比例会有所不同，一般在50%-85%之间。

3. 甲状腺手术虽然在新农合的报销范围内，但是仍然有一些需要自费的情况，比如手术需要的药品、床位费、麻醉费、手术器械费等等。

同时，医院的等级和医生的资历也会影响手术的费用。

需要患者在进行手术前与医院沟通清楚，以免出现意外的费用支出。