厦门北站坐动车进入南站还是北站取决于您要去哪里。如果您要前往厦门市区或厦门国际机场，则应从厦门北站坐高铁到厦门北站，然后换乘地铁或公交前往目的地。

如果您要去福州或其他城市，则可以从厦门北站坐高铁进入南站，方便快捷。因此，建议根据具体的行程需求，选择适合自己的出行方式。