酶法液化通风回流制醋和液态深层发酵生产食醋都是生产食醋的常见工艺，它们的主要工艺差别如下：

1. 原料处理：酶法液化通风回流制醋的主要原料是粮食，需要经过浸泡、蒸煮、冷却等步骤后，加入α-淀粉酶等制剂进行液化反应，然后再进行发酵、醋酸发酵等步骤；而液态深层发酵生产食醋的主要原料是粮食或淀粉质物质，需要经过浸泡、煮沸、冷却等步骤后，加入微生物菌种进行发酵。

2. 发酵过程：酶法液化通风回流制醋的发酵过程是在通风回流条件下进行的，通过调节温度、pH值等条件控制发酵过程；而液态深层发酵生产食醋的发酵过程则是在密闭的发酵罐中进行的，通过调节温度、氧气供应等条件控制发酵过程。

3. 醋酸发酵：酶法液化通风回流制醋的醋酸发酵是在液化反应后进行的，通常采用醋酸菌进行发酵；而液态深层发酵生产食醋的醋酸发酵则是在发酵过程中进行的，通常采用醋酸菌和酵母菌共同进行发酵。

4. 醋液处理：酶法液化通风回流制醋的醋液处理通常包括过滤、浓缩、陈化等步骤；而液态深层发酵生产食醋的醋液处理则包括过滤、脱色、调味等步骤。

总的来说，酶法液化通风回流制醋和液态深层发酵生产食醋在原料处理、发酵过程、醋液处理等方面存在较大差别，但都是为了获得优质的食醋产品。