低保户在南京就医住院的报销比例如下：

门槛费以上的费用，如果在3000元以下，报销比例为88%；如果在3000-5000元之间，报销比例为90%；如果在5000-10000元之间，报销比例为92%；如果费用超过10000元，直至最高支付限额内，报销比例为95%。

此外，乙类药品按80%报销，贵重药品按70%报销，特殊检查和特殊治疗的费用也按70%报销。

需要注意的是，具体的报销比例可能会因地区和政策的变化而有所调整，建议您在就医前向当地社保部门或医院咨询最新的报销政策。