根据江苏南通市相关规定，自建房要补办房产证需要办理以下手续：

1. 首先，需要向房地产管理部门（通常是当地的房地产局）进行申请，提交相关材料，并进行申请登记。

2. 持有者需提供相关的身份证明、房屋证明、建筑图纸、房屋验收合格证明等资料，经过审查合格后，会进行验收。

3. 完成房屋的验收后，即可办理房产证手续。持有者需填写相关的申请表格，交纳相关的费用，并提供需要的材料。

4. 相关部门会进行审核并发放新的房产证。持有者可以通过邮寄或到指定的办理区域领取。

需要注意的是，具体的办理程序可能会有所不同，具体办理过程和所需材料请前往当地房地产管理部门咨询或查阅相关规定。