在《仙剑新的开始》中，客栈的升级顺序对于玩家的游戏体验至关重要。首先，建议优先升级老板娘的等级，因为其他设施的等级都不能超过她的等级，升级老板娘可以确保后续设施升级顺利进行。其次，厢房是另一个需要优先升级的设施，其等级直接影响了玩家的上场人数，提升厢房等级有助于增加队伍实力。

接下来，藏经阁的升级也不容忽视。藏经阁中的法术能够提升主角的辅助能力，而辅助能力的增强又能进一步增加队伍的整体战斗力。当然，如果玩家手中有丰富的药材资源，炼丹炉的升级也可以提前考虑，毕竟高级的炼丹炉可以炼制出更高效的药品，为队伍提供持续的战斗力支持。

综上所述，仙剑新的开始客栈的升级顺序应优先考虑老板娘、厢房、藏经阁，并根据药材资源情况决定是否提前升级炼丹炉。这样的升级顺序既符合游戏机制，又能有效提升玩家的游戏体验。