甲基硫菌灵和阿维菌素在多个方面存在显著区别。首先，甲基硫菌灵是一种广谱性内吸低毒杀菌剂，主要用于防治多种作物的病害。而阿维菌素则是一种高效、广谱的抗生素类杀虫杀螨剂，对多种农作物的害螨和害虫具有很高的生物活性。

其次，两者的化学结构和作用机制也截然不同。甲基硫菌灵主要通过内吸作用发挥预防和治疗效果，而阿维菌素则主要通过胃毒和触杀作用来杀灭害虫和害螨。综上所述，甲基硫菌灵和阿维菌素在应用领域和作用方式上具有显著差异。