据我的查询结果，目前的火车时刻表显示，T397次列车的终点站是深圳北站，且途经站点中并没有东莞站。因此，根据这个火车时刻表的信息来看，T397次列车在东莞站不会停靠。但是，需要注意的是，火车时刻表经常会有调整和变化，因此如果有需要，建议查询最新的车次、站点信息，以确保准确。