云海专线A和C在运营线路、途经景点和票价等方面存在一些区别。
运营线路：云海专线A的起点是海山路总站，终点是云海公园，途经道路包括海山路、深盐路、北山道、盐梅路、盐三路、三盐路；云海专线C的起点是盐田路地铁站，终点也是云海公园，途经站点包括盐田路地铁站、东海丽景花园、庚子首义学校、盐田派出所、北山路口、翡翠岛停车场等。
途经景点：云海专线A途经的景点包括大华兴寺停车场、茶溪谷停车场、庚子首义雕塑园、小三洲、醉樱亭、梅沙尖登山口、红花沥水库等；云海专线C途经的景点包括湿地花园、茶翁古镇和三洲茶园等。
票价：云海专线A和C的票价都是一票制15元，无人售票。但是云海专线C对6岁以下儿童、60岁以上长者及持残疾人证的游客在原票价基础上优惠减免2元。
服务时间及班次：云海专线A的服务时间是上山方向08:30-15:00，坐满或每30分钟一班，下山方向10:30-17:30，坐满或每30分钟一班；云海专线C的服务时间是周末及节假日运营，往云海公园方向为08:30~14:00，坐满即走或每30分钟一班，往盐田路地铁站方向为10:45~17:15，坐满即走或每30分钟一班。