苏州医保在南京门诊挂号是可以使用的，但需要进行一些特定的手续。具体步骤如下：

持本人社会保障市民卡和身份证，前往参保地的社保经办机构。

办理异地就医备案登记手续，如果是姑苏区的参保人员，也需要在市社保中心办理。

领取省标准社会保障卡，这张卡是你在南京异地联网医疗机构划卡就医的关键。

完成以上步骤后，你就可以凭借省标准社会保障卡，在备案的南京异地联网医疗机构划卡就医了1。