传染，小麦茎基腐病是一种真菌性土传病害，也可以通过病残体及种子传播。病菌会以菌丝体的形态分布在土壤及病残体小麦上，温度适宜后病原菌一般从根部和根茎结合部侵入，侵染小麦主茎和分蘖茎，然后随着小麦的生长发育扩展至小麦茎基部，该病具有多次侵染特点。

前期危害后的明显特征就是根部发生褐变，根部1-2节呈褐色，严重的时候变成深褐色，开始死亡。湿度大或中后期的小麦根部可能会出现红色或白色霉层。如果没有及时防治，后期会直接表现在灌浆期，小麦穗出现枯白穗，穗小籽少，根部容易折断现象，产量减少。该病除造成产量下降外，病原菌还可以侵染穗病造成穗腐病（赤霉病），并产生呕吐毒素等真菌毒素，影响小麦品质。