经研究发现，形成这种水位差的原因主要有两个：

1.在巴拿马运河的太平洋一侧，雨量十分充沛，所以盐分浓度低于大西洋一侧，海水密度变小。

2.巴拿马运河太平洋一侧经常刮南风，这种风向对升高水位也起到了推波助澜的作用。

与此同时，在大西洋一侧，由于圭亚那海流是向西流动，因这股海流产生的水位倾斜，使得巴拿马运河大西洋一侧沿岸水域的水位降低，而离岸较远的近海海域的水位升高。所以，巴拿马运河南北出现了水位差。